where com "in"

Tenho um campo de selecao chamado referencia que recebo em tela, o usuario pode informar o valor entre virgulas, no controller coloco fixo:
if(!empty($_GET["reference"]) && $_GET["reference"] != ""):
$searchConditions["and"]["reference"] = array("reference" => array("1",
"2", "3"));
endif;

FUNCIONA
porem se troco para a variavel de tela:

if(!empty($_GET["reference"]) && $_GET["reference"] != ""):
$searchConditions["and"]["reference"] = array("reference" => array($_GET["reference"]));
endif;

NAO FUNCIONA.

dei um pr no array e ele mostrou:
[0] => 1,2,3
e qdo eu enviei os valores fixos ele mostrou
[0] => 1
[1] => 2
[2] => 3

Alguem pode me ajudar?

where com "in"

if(!empty($_GET["reference"]) && $_GET["reference"] != ""):
$searchConditions["and"]["reference"] = array("reference" => explode(", "$_GET["reference"]));
endif;